A aplicação do regime de isenção ao fornecedor do exportador tem por base o funcionamento de um sistema de:
- emissão;
- atestação pela alfândega;
- entrega ao fornecedor,
de certificados que comprovam a efectiva saída da mercadoria do território aduaneiro/exportação – os Certificados Comprovativos da Exportação, CCE.
São estes CCE que, após visados pela alfândega, atestam a venda isenta do fornecedor ao exportador, por aplicação do regime.