Os certificados são emitidos, de acordo com a regulamentação em vigor para cada um dos setores e, salvo raras exceções (v.g contingente especial de importação de milho em Portugal), são válidos em todos os Estados-membros, por um determinado período de tempo, que varia de setor para setor.
No caso dos certificados de exportação eletrónicos estes apenas poderão ser utilizados nas Estâncias Aduaneiras nacionais (Certificados Eletrónicos).