Os Serviços Centrais de apoio técnico-normativo situam-se na cidade de Lisboa.
Os Serviços Desconcentrados, que dão cobertura a toda a área do território nacional, dispersam-se por todo o país. Em várias cidades de Portugal continental sediam-se alfândegas desconcentradas que exercem a sua jurisdição desde a orla marítima até à fronteira com Espanha e também nas Regiões Áutónomas da Madeira e dos Açores.
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